Apenas asumió la Presidencia Vicente Fox, a la Comisión Nacional de los Derechos Humanos le fue retirada la protección del Estado Mayor Presidencial. Desde entonces, el diálogo quedó anulado. La tragedia del veintiuno de septiembre, en la que murió personal tanto de la Secretaría de Seguridad Pública como de la propia comisión, puso esa maltrecha relación bajo suspicacia.